Her ne kadar tTMU/rTMS terapisiyle ilişkilendirilen bazı riskler olsa da, çoğu vakada risk yaşama ihtimali minimaldir. Bir dizi klinik çalışmada belgelendirildiği üzere, prosedür esnasında veya sonrasında komplikasyon veya yan etki yaşama ihtimali yoktur veya azdır.
Potansiyel Yan-etkiler
1998'de standart tedavi protokollerinin ortaya konmasıyla, dünya çapında her hangi bir nöbet oluşumu bildirilmemiştir. 2003'den beri uygulayan Memory Center 30.000 hastada 3 olgu saptamıştır.
Prosedür öncesinde, tedavi riskleri bütünüyle ele alınır. Prosedür öncesi, uygun tarama, ancak tıbbi açıdan önerildiğinde tedaviye devam edileceğini garanti eder. Ayrıca prosedür sonrası takip, her hangi bir potansiyel yan etkiyi veya komplikasyonu tespit etmeyi veya ele almayı mümkün kılar.